مرکز تحقیقات بیماری های گوارش، به عنوان اولین مرکز تحقیقاتی مصوب شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی کشور در زمینه بیماری های گوارشی در سال 1372 تاسیس شد. این مرکز طیف وسیع بیماری های خوش خیم دستگاه گوارش از جمله آشالازی، سلیاک، ریفلاکس و ... را تحت پوشش قرار می دهد که هر یک دارای گروه های پژوهشی جهت بررسی علمی بیماری ها، شناخت آن ها و نیز کلان طرح های تحقیقاتی در پاسخ به سوالات مطرح در این زمینه از بیماری ها می باشند.

مرکز تحقیقات سرطان های گوارش و کبد، یکی از مهمترین مراکز تحقیقاتی پژوهشکده بیماری های گوارش و کبد است که نیمی از مجموع مطالعات و نیز بیشترین سطح همکاری های بین المللی این مجموعه را به خود اختصاص داده است. تمرکز مطالعات این مرکز تحقیقات، بر روی بدخیمی های دستگاه گوارش فوقانی است که این موضوع، خود، از اصلی ترین نتایج « مطالعه سرطان مری و معده در شمال ایران ( GEMINI ) Gastro Esphageal Malgnancy in North of iran) و «مطالعه کوهورت گلستان » است. این مرکز موفق به معرفی 2 مونوگراف سازمان بهداشت جهانی برای عوامل خطرساز سرطان مری و معده به دنیا شده است.

بیماری های هپاتیت B و C و اتوایمیون کبدی از شایع ترین بیماری ها در دهه های اخیر می باشند که در حال حاضر تلاش های انجام شده توسط این مرکز و دیگر مراکز همکار موجب کاهش شیوع این بیماری ها شده است. اجرای طرح های مختلف شناخت بیشتر هپاتیت C منجر به تولید داروی سووداک در ایران شده که علاوه بر صرفه جویی ارزی و کاهش واردات، در درمان بیماری و غربالگری آن در مراکز پرخطر همچون زندان ها مورد استفاده قرار گرفته است. همچنین گروه پژوهشی پانکراتو بیلیاری، ضمن اجرای دوره های اندوسکوپی پیشرفته تحقیقات متعددی در این زمینه انجام داده که از آنها در کتب مرجع مورد استفاده قرار گرفته است.

هدف از راه اندازی این مرکز تحقیقات، توسعه فعالیت‌های بنیادی در زمینه ژن درمانی و نیز دستیابی به فناوری های نوین در درمان سرطان ها از جمله سرطان روده بزرگ، سرطان خون، سرطان معده و اختلالات ژنتیکی مانند بتا تالاسمی و رتینیت پیگمنتوزا است تا همگام با سایر کشورها و به ویژه کشورهای توسعه یافته، دانش استفاده از روش های مهندسی ژنتیک مدرن برای کشف راه حل های درمانی در کنترل بیماری‌ها نهادینه شود.